Mustafa fu il figlio del sultano Mehmed III e Halime Sultan. Nacque nel 1600 al Palazzo Topkapi e morì nel 1639 a Istanbul. È sepolto nel cortile di Haghia Sophia.
Alcuni storici lo chiamano "Mustafa il Pazzo" (Deli Mustafa in turco), credendo che fosse mentalmente squilibrato quando salì al trono. Governò l'Impero due volte, tra il 1617-1618 e il 1622-1623.
Quando il Sultano Ahmed I, fratellastro maggiore di Mustafa, morì nel 1617, suo figlio Osman era troppo giovane per essere intronizzato senza causare problemi allo Stato. Pertanto Mustafa I divenne il sultano successivo e questa fu la prima volta che a un sultano ottomano successe suo fratello invece che suo figlio. A causa delle condizioni mentali di Mustafa, sua madre Halime Sultan (la regina madre o Valide Sultan) agì come reggente durante il governo di suo figlio. Dopo un breve regno di un anno, la fazione della Corte lo depose in favore del giovane nipote Osman II. Ma quando Osman II fu detronizzato e assassinato durante una ribellione dei giannizzeri nel 1622, Mustafa fu riportato al trono e governò per un altro anno. Durante il suo secondo regno, i conflitti tra i vari corpi dell'esercito, l'instabilità politica e le condizioni mentali di Mustafa portarono alla fine del suo governo e alla sua deposizione per la seconda volta. Murad IV, figlio di Ahmed I e Kosem, salì al trono nel 1623.